Eine Hausdurchsuchung beginnt damit, dass der Hausdurchsuchungsbefehl (in der Regel) der Geschäftsleitung zugestellt wird. Im Anschluss findet eine Vorbesprechung mit den Beamten der Wettbewerbsbehörde statt. Im Rahmen der Vorbesprechung wird der Untersuchungsgegenstand erörtert und bekannt gegeben, welche Mitarbeiter und welcher Geschäftsbereich des Unternehmens im Fokus der Hausdurchsuchung stehen.
In der Folge beginnen die Vertreter der Wettbewerbsbehörde mit der Durchsuchung der Büros. Gleichzeitig werden häufig die elektronischen Daten der vermutlich involvierten Mitarbeiter durch die IT-Abteilung gesichert. Die Daten werden in der Folge von den Vertretern der Wettbewerbsbehörde mit Suchworten durchsucht. Der jeweilige Speicherort der Daten ist dabei nicht entscheidend, da auch auf externen Speicherplätzen oder Cloud-Diensten gespeicherte Daten durch die Wettbewerbs-behörden zugegriffen werden kann. Grundsätzlich können die Beamten nur Kopien von den Untersuchungsgegenstand betreffenden Unterlagen oder Daten anfertigen und mitnehmen. Die Originale verbleiben im Unternehmen. Nur im Ausnahmefall kann die Bundeswettbewerbsbehörde auch Unterlagen beschlagnahmen. Die Europäische Kommission verfügt hingegen über kein Beschlagnahmerecht.
Der „Notfallplan“ des Unternehmens sollte vorsehen, dass jedem Vertreter der Wettbewerbsbehörde eine Begleitperson (ein sogenannter „Schatten“) zugeteilt wird. Bei den „Schatten“ handelt es sich um jene Personen, die die Mitarbeiter der Wettbewerbsbehörde während der Hausdurchsuchung begleiten. Aufgabe der „Schatten“ ist es, den Teil der Hausdurchsuchung, für den diese zuständig gemacht werden, in einem Protokoll festzuhalten und den Beamten der Wettbewerbsbehörde, der dem jeweiligen „Schatten“ zugeordnet wurde, zu begleiten.
Die Beamten können bei einer Hausdurchsuchung von den Organen und Mitarbeitern des Unternehmens Erläuterungen zu Tatsachen und Unterlagen verlangen, die mit dem Gegenstand und Zweck der Ermittlungen in Zusammenhang stehen.
Soweit dies erforderlich ist, können die Beamten vorübergehend Räumlichkeiten versiegeln. Zu einer Versiegelung kommt es insbesondere, wenn die Hausdurchsuchung länger als einen Tag dauert und bestimmte Büros noch nicht durchsucht wurden oder sich in dem Raum, der den Beamten für die Dauer der Hausdurchsuchung zur Verfügung steht, Unterlagen oder Daten befinden, die noch nicht untersucht wurden.
Im Detail unterscheiden sich die Kompetenzen der Bundeswettbewerbsbehörde und der Europäischen Kommission.
